Godine 1992. donesena je odluka o osnivanju Ljetne škole, a u travnju 1993. počela je s radom Zagrebačka medresa “Dr. Ahmed Smajlović”.
Pravo javnosti Zagrebačka medresa stječe 2000., kada je počela djelovati u sustavu Ministarstva znanosti, obrazovanja i sporta.
Na inicijativu Školskog odbora, Mešihat Islamske zajednice u Hrvatskoj, kao osnivač, donosi odluku o transformaciji Zagrebačke medrese u opću Islamsku gimnaziju s četiri izborna (obavezna) predmeta: arapski jezik, Kur’an i kur’anske znanosti, islamska kultura i civilizacija i islamski vjeronauk. Glavni je razlog bio taj da učenici nakon završetka srednjoškolskog obrazovanja mogu nastaviti školovanje na svim fakultetima u Hrvatskoj, ali i u svijetu.
U lipnju 2007., Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa Republike Hrvatske, na zahtjev Zagrebačke medrese „Dr. Ahmed Smajlović“, izdaje Rješenje kojim se odobrava izvođenje vlastitog plana i programa Opće gimnazije.